El banco de germoplasma del CIAT contiene principalmente cultivares de los agricultores que no han sido mejorados (razas nativas) y parientes silvestres de las especies cultivadas. Estos materiales han sido designados en custodia por la FAO y están disponibles directamente en la Unidad de Recursos Genéticos del CIAT (URG).

Ahora bien, en algunos casos, el Centro pone a disposición de los usuarios materiales recientemente mejorados (por ejemplo, líneas elite mejoradas) de los cuatro productos agrícolas básicos que tiene a su cargo: frijol, yuca, forrajes tropicales y arroz. Para solicitar este germoplasma avanzado, que no forma parte de la colección designada por la FAO, hay que acudir todavía directamente a los proyectos que investigan en dichos cultivos.