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El mejoramiento genético de los cultivos ha sido una de las mejores inversiones para el desarrollo agrícola. En el caso de la yuca, se busca producir clones de altos rendimientos, con producción estable y tolerancia a los principales factores limitantes, sean éstos bióticos o abióticos. 

Las características del cultivo también imponen restricciones en cuanto a la calidad y el aspecto de la raíz, en especial cuando se trata del mercado de raíces frescas. Cuando las raíces tienen como destino el uso industrial, el principal criterio de selección es el de maximizar la producción de materia seca por hectárea. En algunos casos, se puede dar preferencia a raíces amarillas con alto contenido de caroteno (alimentación humana o para balanceados, particularmente para aves) y, en otros, a las raíces blancas (industria del almidón).

Con el desarrollo de maquinaria para la cosecha mecánica del follaje se comenzó a prestar atención a la cantidad de follaje presente en el momento de la cosecha de las raíces y así, con el propósito de explotar el alto valor nutritivo de las hojas de la yuca, brindar una mayor rentabilidad al cultivo. Procedimientos de investigación participativa permiten definir con presición las necesidades o preferencias de los agricultores y procesadores.

Para que un clon superior
exprese sus ventajas genéticas debe proveérsele de un ambiente apropiado. Por tanto, es necesario desarrollar prácticas culturales que permitan maximizar la rentabilidad del cultivo al tiempo que minimizen su impacto en el ambiente. Esto es particularmente relevante para el caso de los cultivos de yuca en agricultura de subsistencia, donde existe una limitada capacidad por parte del agricultor para implementar prácticas conservacionistas.

El área de Mejoramiento y Agronomía, por su naturaleza, debe interactuar intensamente con áreas como Entomología, Patología, Biotecnología, Investigación Participativa, Agroempresas Rurales, entre otras.